1. 姜世离与魔翳操控的涅世穹兵终极对决，最终双双陨落，姜世离的元神消散，魔翳也因力量耗尽而死亡。临死前，魔翳向龙幽托付，希望他能解决魔界长期困扰的干旱问题。龙幽答应后，魔翳得以含笑而终。
2. 姜世离凭借伏羲剑的力量强行打开了神魔之井的通道，打破了人魔两界的界限，让两界得以自由来往。这一举动对人界产生了深远的影响，因为魔界中人往往具备高深的法术，可能导致人界受到入侵。为保卫人界安宁，太武决定以蜀山本体封印神魔之井，并结成法阵彻底封锁两界通道。封印需要千年时间才能稳固，此后任何法术都无法穿越两界。姜云凡应太武所求，协助完成封印。多年后，他佩戴的血玉中传出熟悉的呼唤声，标志着仙剑5剧情的终结。
3. 关于唐雨柔生死之谜以及血玉的作用机制，我们了解到二十年前她因缺水而生命垂危，草谷曾借助血玉碎片的力量为其延续生命二十年。原本计划是待姜世离元神净化后，用完整的血玉彻底治愈她。但由于姜世离脱离血玉封印导致血玉力量丧失，只能通过时间的积累逐渐恢复力量。在执行逆天阵时，唐雨柔并未死亡，而是进入血玉核心沉睡。如今血玉力量逐渐恢复，预示着唐雨柔即将苏醒并重生。姜云凡在结局等待唐雨柔的归来。结局中的呼唤声就是唐雨柔苏醒、血玉力量恢复的象征。
4. 龙幽表明身份为夜叉皇子，但魔翳率领的夜叉军并未听从他的号令。原因在于魔翳治国统军有术，拥有极高的号召力和威严。他心系夜叉族，为解决魔界水源问题付出了巨大的努力。夜叉臣民看到魔翳的真正用心和才华，因此即使龙幽表明身份也难以令夜叉军退下。魔翳临死前仍心系夜叉族，展现出他对族民的深厚情感以及他对解决魔界干旱问题的决心。在他死后，龙幽承诺解决这一问题，夜叉军才真正退入神魔之井。
5. 两界封印虽然结成，但游戏并未明确交代是否真的能完全阻隔两界通道。熟悉仙剑世界观的玩家普遍认为，仅凭蜀山的封印之术无法完全封印人魔两界。例如仙剑3中的重楼和飞蓬能够自由穿梭六界，因此这些封印术虽强大但无法百分之百阻止所有人穿梭两界。对于那些能够自由穿梭六界的大佬来说，一个普通的封印术根本不值一提。